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動物学（第一稿）
動物学（第二稿）
動物学（第三稿）
化理学諸薬品蔵目および古物学諸蔵品目
動植記（植物図写し）
和漢三才図抜鈔（巻之二）
和漢三才図会抜記（巻五～巻七）
和漢三才図会抜記（巻四）および本草綱目抜記（巻八～巻十二）
和漢三才図会抜記（巻九･二月）
和漢三才図会抜記（巻八十三～八十七）
和漢三才図会抜抄（巻八十一・巻八十八～九十一）
大和本草抜記、和漢三才図絵抜記（巻五･巻七･巻八）、（巻一･巻二･巻四･巻五）および本草綱目抜記
本草綱目抜記（絵図）
可所斎雑記（一）
可所斎雑記（二）
可所斎雑記（三）
算術簿（裏Readergrammer）
紀行巻之一
東京予備門時代のノート（1）
東京予備門時代のノート（2）
東京予備門時代のノート（3）
東京予備門時代のノート（4）
南方熊楠叢説第一（アメリカ時代ノート１）
アメリカ時代ノート（２）植物学ノート
アメリカ時代ノート（４）皇紀年表など（アメリカ時代ノート４）
アメリカ時代ノート（５）清国音符など（アメリカ時代ノート５）
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ロンドン時代金銭出納帳
ロンドン抜書･一